Masa jabatan: 16 Februari 1998 - 26 Oktober 1999
Berasal dari TNI Angkatan Darat (TNI AD)
14. Laksamana TNI Widodo Adi Sutjipto
Masa jabatan: 26 Oktober 1999 - 7 Juni 2002
Berasal dari TNI Angkatan Laut (TNI AL)
15. Jenderal TNI Endriartono Sutarto
Masa jabatan: 7 Juni 2002 - 13 Februari 2006
Berasal dari TNI Angkatan Darat (TNI AD)
16. Marsekal TNI Djoko Suyanto
Masa jabatan: 13 Februari 2006 - 28 Desember 2007
Berasal dari TNI Angkatan Udara (TNI AU)
17. Jenderal TNI Djoko Santoso
Masa jabatan: 28 Desember 2007 - 28 September 2010
Berasal dari TNI Angkatan Darat (TNI AD)
18. Laksamana TNI Agus Suhartono
Masa jabatan: 28 September 2010 - 30 Agustus 2013
Berasal dari TNI Angkatan Laut (TNI AL)
19. Jenderal TNI Moeldoko
Masa jabatan: 30 Agustus 2013 - 8 Juli 2015
Berasal dari TNI Angkatan Darat (TNI AD)
20. Jenderal TNI Gatot Nurmantyo
Masa jabatan: 8 Juli 2015 - 8 Desember 2017
Berasal dari TNI Angkatan Darat (TNI AD)