Setelah situasi politik mereda, pada tahun 1966,
Menteri Agama KH. Muhammad Dahlan mempelopori kembali pembangunan masjid ini.
Kepengurusan dipegang oleh KH. Idham Chalid yang bertindak sebagai Koordinator Panitia Nasional Pembangunan Masjid Istiqlal.
17 tahun kemudian, Masjid Istiqlal selesai dibangun. Dimulai pada tanggal 24 Agustus 1961, dan diresmikan penggunaannya oleh Presiden Soeharto pada tanggal 22 Februari 1978, ditandai dengan prasasti yang dipasang di area tangga pintu As-Salam.