Pada masa pemerintahan Inggris (1811-1816), benteng ini dikuasai oleh pemerintah Inggris dan menjadi lokasi terjadinya peristiwa penting, seperti penyerangan terhadap kraton Yogyakarta pada 18-20 Juni 1812, yang dikenal sebagai peristiwa Geger Sepoy.
Baca Juga: Benteng Marlborough: Landasan Sejarah yang Kokoh di Tanah Bengkulu
Selanjutnya, pada masa penjajahan Jepang (1942-1945), benteng ini diambil alih oleh tentara Jepang dan digunakan sebagai tempat tahanan serta markas Kempetai.
Setelah Proklamasi Kemerdekaan Indonesia pada tahun 1945, Benteng Vredeburg beralih kepemilikan kepada instansi militer Republik Indonesia.
Baca Juga: Benteng Kuto Besak (BKB) Terbuat dari Telur dan Rebusan Tulang
Namun, pada masa Agresi Militer Belanda II (1948-1949), benteng ini kembali dikuasai oleh pasukan Belanda dan digunakan sebagai markas tentara Belanda.
Pada peristiwa Serangan Umum 1 Maret 1949, pasukan TNI merebut kembali benteng ini dari pasukan Belanda.
Pada tahun 1992, Benteng Vredeburg secara resmi dijadikan Museum Khusus Perjuangan Nasional, dan hingga kini, menjadi salah satu destinasi wisata sejarah yang populer di Yogyakarta.
Baca Juga: Benteng Kuto Besak: Memelihara Jejak Sejarah dan Semangat Kebangsaan Palembang
Dalam museum ini, pengunjung dapat menikmati koleksi dan diorama yang menggambarkan peristiwa-peristiwa bersejarah yang terjadi di Yogyakarta.